Questa edizione della Coppa Italia è, nella sua formula, pressoché identica a quella di un anno prima. Le squadre ammesse alla competizione sono sempre trentasei ma c'è un'anomalia nell'organico rispetto alle ultime stagioni. Infatti, oltre alle sedici di A, si hanno diciannove squadre di Serie B e una di Serie C. Questo perchè, a campionato 1968/69 di Serie C concluso, viene penalizzata la vincitrice del girone C, cioè la Casertana, con assegnazione del suo posto di destinazione, cioè la Serie B 1969/70, al Taranto secondo classificato. Ma l'organico della Coppa Italia, già formato, tiene conto di quella che è stata la classifica del campionato prima delle modifiche della Giustizia Sportiva. Dunque la Casertana disputerà questa Coppa Italia 1969/70, a cui non partecipa il Taranto, squadra iscritta al Campionato di Serie B 1969/70, in rappresentanza della Serie C. Le trentasei squadre sono, anche per questa stagione, così come la precedente, divise in nove gironi da quattro squadre ciascuno che si contendono il passaggio al turno successivo alla vigilia del campionato.

A passare sono otto formazioni, cioè le sette migliori vincenti di ciascun girone mentre le altre due si contendono il passaggio in una gara di spareggio in campo neutro (ed è questa l’unica variante rispetto alla stagione precedente).

Queste otto formazioni poi vengono accoppiate per la disputa del secondo turno ad eliminazione diretta in gara di andata e ritorno con eventuale spareggio in campo neutro in caso di parità nel doppio confronto. Da questo turno vengono fuori quattro formazioni che si affronteranno nella sessione primaverile della competizione in un girone con gare di andata e ritorno e trofeo da assegnare alla prima classificata senza disputa di alcuna finale. Al girone finale giungono, come un anno prima, Cagliari e Torino con Bologna e la sorpresa Varese (squadra di Serie B) a completare il quartetto.

Il Cagliari, già vincitore dello scudetto al momento della disputa del torneo finale, è, paradossalmente, vittima della sua stessa forza che all’atto pratico gli impedisce di vincere il trofeo per il quale è nettamente favorito. Infatti al termine della stagione è prevista la disputa della Coppa del Mondo per squadre Nazionali in Messico e per questo motivo il Cagliari è privato di ben sei dei suoi migliori elementi, convocati con la Nazionale che arriverà alla finale (Albertosi, Cera, Domenghini, Gori, Niccolai e Riva).

Privo di questi uomini il Cagliari, giunto al girone finale dopo avere eliminato con una doppia vittoria i detentori della Roma, non può essere competitivo più di tanto. Tuttavia i rossoblù riescono a stare al comando al termine del girone di andata per poi cedere di schianto in quello di ritorno con, in particolare, una pesante sconfitta interna 4-0 contro il Bologna. Il quale si aggiudicherà in casa il trofeo in quella che, anche se non ufficialmente, può essere considerata la finale, visto che vi giungevano le sole due squadre aventi la possibilità di conquistarlo. I loro avversari infatti, cioè il Torino, partivano con il vantaggio di un punto in classifica e la possibilità di giocare per due risultati su tre. Il Bologna riusciva a trarre vantaggio dal fattore campo aggiudicandosi la Coppa grazie al successo 2-0 maturato già nel primo tempo.