A seguito della creazione della Lega Nazionale Semiprofessionisti, costituita dalle squadre di serie C, a questa edizione della Coppa Italia, organizzata dalla Lega Nazionale Professionisti, si hanno solo le diciotto squadre di Serie A e le venti di Serie B.

Di conseguenza, rispetto all'edizione precedente, si ha un drastico ridimensionamento dal punto di vista numerico, con numero di squadre partecipanti e partite da disputare più che dimezzato. Si passa infatti da una competizione con settantasette squadre partecipanti e settantanove incontri, ad una con trentotto squadre partecipanti e altrettante partite disputate.

La formula del torneo prevede che gli scontri tra le due contendenti di ogni accoppiamento avvengano in gara unica nel terreno di una delle due, deciso per sorteggio. Con due tempi supplementari di quindici minuti ciascuno e una serie di sei calci di rigore se persiste la parità. Si hanno inizialmente due turni di qualificazione con accoppiamento tra le squadre dettato da criteri geografici, dopo i quali la prosecuzione è con tabellone di tipo tennistico a partire dagli ottavi di finale, dove entrano in gioco anche le teste di serie. E’ prevista una finale per il terzo posto mentre il terreno scelto per l’assegnazione del trofeo è quello della città dove ha sede la Lega nazionale Professionisti, cioè Milano, per l’esattezza lo stadio “San Siro”.

Per il Cagliari, militante in Serie B, la Coppa Italia non è certamente l’impegno prioritario della stagione e l’eliminazione sarà immediata. Per l’esordio dei rossoblù, previsto nel primo turno di qualificazione allo stadio Olimpico di Roma domenica 6 settembre 1959, il sorteggio riserva la Roma che si impone nettamente e indiscutibilmente con il punteggio di 4-0, maturato già nel primo tempo, qualificandosi così al turno successivo.

Un’altra novità è rappresentata dal fatto che l’organizzazione calcistica europea (la U. E. F. A. ), che qualche anno prima aveva creato la Coppa dei Campioni D’Europa con lo scopo di mettere di fronte le vincitrici dei vari campionati del continente, visto il successo, decide di creare un torneo internazionale che metta di fronte le vincitrici delle varie coppe nazionali in Europa.

Questa edizione della Coppa Italia sarà vinta dalla Juventus che, nell’equilibrata finale, si impone sulla Fiorentina dopo i tempi supplementari con il punteggio di 3-2 ma, avendo i bianconeri anche vinto anche lo scudetto e quindi ammessi di diritto alla Coppa dei Campioni 1960/61, sarà proprio la Fiorentina a rappresentare l’Italia nella prima edizione della manifestazione continentale che mette di fronte le vincitrici delle varie coppe nazionali, che prende il nome di Coppa delle Coppe d’Europa.